É provável que a versão da .cia da atualização que você baixou é uma versão criptografada. Essas versões funcionam apenas no Nintendo 3DS.
Para emuladores, só dá pra instalar uma .cia descriptografada. Se você não encontrar uma que seja, você pode descriptografar você mesmo utilizando um programa de PC.
/downloads/arquivo/47/
eu tinha tentado de tudo,passei a manhã inteira tentando fazer funcionar e nada,ainda cheguei a ver essa ferramenta mais nao pensei em usa-lá,agora foi realmente o problema e que estava criptografada,que bom que pelo menos eu tava jogando com a beta 5 se nao eu ia ter que recomecar pq eu quero entender a historia principalmenter por ser a primeira vez que estou jogando o pokemon moon,valeu mesmo