Harvest Moon 64 tem como objetivo restaurar e manter uma fazenda abandonada deixada ao jogador por seu avô. Junto com a restauração da fazenda, há uma série de outras missões secundárias que o jogador pode optar por participar, incluindo treinar e competir com um cavalo, vender colheitas, participar de uma variedade de festivais da cidade, apaixonar-se e casar, coletar receitas. , e coletando fotografias de várias realizações e eventos.

O jogador começa com os recursos mínimos para a fazenda, incluindo um galinheiro vazio e um celeiro, mas animais e extensões da casa podem ser comprados e as ferramentas podem ser atualizadas ao longo do jogo. A cidade local, onde a maioria dos moradores passa o dia, contém uma igreja, um bar, uma padaria, uma praça, uma floricultura, uma biblioteca, uma ferramentaria, entre outras coisas.

Ao contrário do Harvest Moon original para o SNES, há uma quantidade limitada de tempo para trabalhar em um determinado dia, bem como uma quantidade limitada de resistência para o trabalho. Muitos recursos do jogo, como a localização dos personagens e quais lojas estão abertas, variam de acordo com a hora e o dia da semana atuais. Há quatro estações por ano, cada uma com seus próprios padrões climáticos, colheitas para cultivar e ervas silvestres disponíveis. Alguns dias são reservados para festivais, onde todas as lojas estão fechadas e eventos especiais acontecem. Isso oferece uma pausa nas tarefas diárias e uma chance de interagir com os habitantes da cidade de maneiras únicas, como dançar ou nadar.